甲醇燃料电池和氢燃料电池广泛运用于各类船型，不同功率类型的燃料电池也适用于不同的船型和不同的电能使用需求环境.
下面为部分典型运用案例:
游艇
德国Hanse 410帆船打造为绿色无排放帆船，配备了动力锂电池、太阳能板和MFC Pro2800燃料电池。太阳能板由于铺设面积有限，同时受天气影响很大。而MFC Pro2800燃料电池不受天气、时间限制。同时与传统化石燃料发电机相比，无有害污染排放，同时没有额外噪音产生。
帆船
MFC燃料电池运行在一艘30英尺Corby 30帆船Spint参加OSTAR 2013的比赛，OSTAR是一项从英国普利茅斯到美国罗德岛州纽波特的单人跨大西洋帆船比赛，航程约3500海里，持续时间24天。提供可靠动力是最大的需求。比赛中，帆船每小时消耗大约3到4安培的电流。主要是自动驾驶仪、AIS、VHE、RTE、海图仪、行车灯、加热器以及lPad.相机和手机等移动设备的态电。原先YANMAR柴油发电机，由于这是轻型能水船，冷却水讲口高干水线，存在发电机隆泪问题，其次喂音非常大。最重要的，在25天的比赛中发动机使田25x3升的燃油，约65公斤，两个电池各32公斤，通讨安装MEC以划电池、田DMEC更换了其中一个电池。MEC在比赛中消赶的甲醇不到25升，MEC的重量是7公斤。甲醇的重量大约是21公斤，这总共减少了69公斤的重量!
拖轮
Rivercel是由德国政府资助的示范项目，该项目联合DNV、柏林理工大学、维京邮轮，旨在开发和演示一种安全实用的解决方案，用于船舶的混合电能系统，该系统在有限的海上应用中使用燃料电池。该系统由18个5kw甲醇燃料电池单元并联堆叠，最大输出90kw，电压1050V。该项目的甲醇燃料电池机组设计于2021年成功通过了安全测试，并与船舶船级社DNV成功完成了安全评估，这是目前的一个重要里程碑。
观光船
MS lnnogy是德国第一艘由甲醇燃料电池提供动力的船舶，其燃料电池为HTMFC类型。作为该项目的一部分，与能源公司lnnogy台作，旨在展示甲醇作为未来燃料的潜力。 该系统为七个5KN模块集成在一个机架中组成的35kw动力系统，由燃料电油系统和电池组组成。其中甲醇燃料电池运行中的废热驱动甲醇重整，而不需要额外能源输入。该船直运营至今，甲醇燃料电池带来的低噪音和低振动广受好评。
